Pusat dasar Macquarie adalah layanannya kepada emansipis: banduan yang hukuman telah tamat tempoh atau yang telah diberi pengampunan bersyarat atau mutlak. Menjelang 1810 emansipis telah mengatasi peneroka bebas, dan Macquarie menetapkan hala tuju dirinya dengan melantik emansipis untuk jawatan kerajaan: Francis Greenway sebagai arkitek kolonial[27] dan Dr William Redfern sebagai pakar bedah kolonial.[28] Beliau memalukan pendapat peneroka dengan melantik emansipis, Andrew Thompson, sebagai majistret,[29] dan dengan menjemput emansipis minum teh di Rumah Kerajaan. Sebagai ganti, Macquarie mendesak agar bekas banduan hidup dengan kehidupan (Kristian) diperbaharui. Beliau menghendaki bahawa bekas banduan kerap menghadiri kegiatan gereja, dan khususnya, amat menggalakkan perkahwinan formal Kristian (Anglican).[30]

Macquarie merupakan penaja terbesar penerokaan tanah jajahan yang belum dilihat. Pada tahun 1813 beliau memberi kuasa Blaxland, Wentworth dan Lawson untuk menyeberang Blue Mountains dengan jayanya di mana mereka menjumpai dataran besar di kawasan pedalaman.[31][32] Di sana, beliau mengarahkan penubuhan Bathurst, bandar pedalaman pertama di Australia. Beliau melantik John Oxley sebagai juruukur agung dan menghantar beliau dalam ekspedisi ke pantai New South Wales dan pedalaman untuk mencari sungai baru dan tanah-tanah baru untuk penempatan. Oxley menemui Northern Rivers yang kaya dan kawasan New England di New South Wales, dan di tempat yang kini Queensland beliau meneroka tapak semasa Brisbane.

Susun atur jalan di pusat Sydney moden adalah berdasarkan pelan jalan yang ditubuhkan oleh Macquarie.[27] Bangunan yang paling berprestij koloni tersebut dibina di Macquarie Street. Beberapa di antaranya masih berdiri hari ini. Apa yang telah terselamat daripada 'Hospital Rum' Georgia berfungsi sebagai Bangunan Parlimen negeri New South Wales.[27] Terdapat kemungkinan bahawa hospital itu telah direka oleh Macquarie sendiri, dengan kerjasama isterinya. Beranda bangunan yang lebar jelas diilhamkan oleh kebiasaan Macquarie dengan seni bina kolonial Inggeris di India.[33] Kandang besar yang Macquarie khususkan untuk Rumah Kerajaan adalah sebahagian daripada struktur bangunan moden Sydney Conservatorium of Music.[34] Kedua-dua bangunan ini telah dibina oleh Macquarie dengan mengingkari larangan kerajaan British ke atas projek-projek bangunan awam mahal di tanah jajahan[33] dan mencerminkan ketegangan antara visi Macquarie Sydney sebagai bandar zaman George dan pandangan kerajaan British terhadap tanah jajahan sebagai tempat lambakan untuk banduan yang akan dibiayai semurah yang mungkin.

Satu lagi pembaharuan asas yang dimulakan oleh Macquarie yang berkekalan signifikan telah dibuat pada 15 Ogos 1820, tidak lama sebelum beliau pulang ke England, apabila dia mengarahkan semua lalu lintas di jalan raya New South Wales untuk berada di bahagian kiri.[35]

Asal-usul nama "Australia" berkait rapat dengan Macquarie. "Australia", sebagai nama bagi negara yang kita kenali dengan nama itu, telah dicadangkan oleh Matthew Flinders, tetapi pada mulanya digunakan dalam penghantaran rasmi oleh Macquarie pada tahun 1817.[36]

Dasar Macquarie, terutamanya penyokongan beliau mengenai emansipis dan perbelanjaan wang kerajaan yang mewah untuk kerja raya, membangkitkan bangkangan kedua-dua tanah jajahan dan di London, di mana kerajaan masih melihat New South Wales sebagai asasnya tanah jajahan keseksaan. Kenyataan beliau, dalam surat kepada Setiausaha Tanah Jajahan, bahawa "peneroka bebas secara umum... ialah orang paling tidak puas hati di negara ini" dan bahawa "banduan yang dibebaskan, atau orang-orang dibebaskan dengan perhambaan, dibuat dalam banyak contoh sebagai peneroka terbaik", telah digunakan untuk menjatuhkannya.

Walaupun mendapat bangkangan daripada kerajaan British, Macquarie menggalakkan penciptaan bank pertama koloni, Bank New South Wales, pada 1817.[37]

Hubungan orang asli-peneroka

Macquarie dianggap sebagai berbelah bahagi ke arah Orang Asli Australia. Beliau mengarahkan ekspedisi menghukum terhadap Orang Asli, [38] menulis dalam diarinya:

"Saya Hari ini mengarahkan tiga detasmen tentera berasingan untuk mara ke dalam negeri dan bahagian pedalaman Jajahan, bagi tujuan Menghukum Anak Pribumi yang bermusuhan, dengan menghapuskan tempat mereka sepenuhnya, dan menghalau mereka ke pergunungan; dan juga jika boleh untuk memahami Anak Pribumi yang telah melakukan pembunuhan lewat dan kezaliman, dengan pandangan itu dijadikan contoh dahsyat dan teruk, jika ditangkap hidup-hidup. — Saya telah mengarahkan seramai Anak Pribumi yang mungkin dibuat banduan, dengan matlamat untuk mengekalkan mereka sebagai tebusan sehingga orang-orang bersalah yang sebenar menyerah diri, atau telah diberikan oleh puak-puak mereka untuk keadilan ringkas. — Sekiranya Anak Pribumi membuat penentangan yang paling kecil – atau enggan menyerah diri apabila dipanggil untuk berbuat demikian – pegawai-pegawai pihak tentera telah dibenarkan untuk menembak mereka untuk memaksa mereka menyerah diri; gantung di atas pokok yang jasad Anak Pribumi sebagaimana yang dibunuh pada masa itu, untuk meningkatkan ketakutan yang lebih besar kepada yang terselamat."[39]

Walau bagaimanapun, apabila berurusan dengan suku-suku mesra, beliau membangunkan strategi untuk mencalonkan seorang 'ketua' yang bertanggungjawab untuk setiap satu daripada puak-puak, dikenalpasti oleh pemakaian plat tembaga dada terukir dengan nama dan gelarannya. Walaupun ini adalah cara biasa rundingan Eropah, ia sering tidak mencerminkan status sebenar orang tua dalam suku-suku.[40] Macquarie juga mempelopori konsep mengembalikan tanah kepada kawalan Orang Asli, bermula dengan kawasan sekitar Broken Bay dan Georges Head.[41]

Pada tahun 1814 Macquarie mengasaskan Institusi Asli di Parramatta untuk pendidikan anak-anak Orang Asli. Kanak-kanak Orang Asli telah didaftarkan dalam sekolah, kadang-kadang secara paksa, dan dibesarkan mengikut pendidikan dan budaya Eropah. Walaupun kanak-kanak di Sekolah dilayan dengan baik, analisis sosial moden menunjukkan pendaftaran mereka dipaksa dan seterusnya pendidikan sosial di-Eropahkan sebagai cubaan secara sedar untuk mengurangkan pengaruh dan masa depan budaya asli.[42][41]

Ahli sejarah moden juga telah mengenal pasti pengambilan paksa kanak-kanak untuk Sekolah sebagai penyebab tercetusnya konflik terbuka antara penduduk asli dan pentadbiran Gabenor Macquarie, bermula pada tahun 1814 dan berterusan untuk sekurang-kurangnya dua tahun.[41]